2016-09-06更新：pbh5tools是PacBio公司早期推出的数据分析工具，其后已经被SMRTanalysis工具所替换。SMRTanalysis的安装与使用都更简单，Linux安装之后可以直接在网页里面进行数据分析操作。
======================================
转载自：http://jeffreyy.pixnet.net/
PacBio 是第三代定序技術 (Third generation sequencing)的技術公司，目前的最新機型為RSII，最長長度可到30kb。
出來的rawdata其檔案格式為hdf5，其中有兩種，一個是bas.h5和bax.h5，其PacBio的文件有寫到以下:
“Due to the increased throughput and read lengths achieved by the PacBio® RS II upgrade, this information is now contained in one bas.h5 file and three bax.h5 files.”
hdf5 格式並無法直接觀看，如果要看序列，必須要經過格式轉換，PacBio有出一個軟體為pbh5tools來進行hdf5的格式轉換。
pbh5tools是以python寫的套件，所以安裝前需要安裝其他python套件，在安裝python套件用pip比較好，pip會兼顧各個依存的套件版本，少用easy-install。
除了python套件外，其他的套件還有python-devel 和 hdf5與其相關套件。
其安裝其他requirement套件指令為:
sudo yum install python-pip python-devel.x86_64 hdf5-devel.x86_64 hdf5.x86_64 hdf5-mpich-devel.x86_64 hdf5-mpich.x86_64 hdf5-openmpi.x86_64 hdf5-openmpi-devel.x86_64
# 上述yum指令，对于没有root权限的Linux用户，该如何解决？？？（FL 2016-02-06备注）
sudo pip install --upgrade pip
sudo pip install --upgrade nose
sudo pip install --upgrade Cython
sudo pip install --upgrade numpy
sudo pip install --upgrade six
sudo pip install --upgrade setuptools
sudo pip install --upgrade pkgconfig
sudo pip install --upgrade pysam
sudo pip install --upgrade h5py
sudo pip install --upgrade pbcore
其中，pbcore需要python 2.7，故如果系統為python 2.6又無法利用yum升級上去，就必須手動安裝python 2.7，並注意需雙版本依存。
參考資料:
http://ruiaylin.github.io/2014/12/12/python%20update/
How to install Python 2.7 and Python 3.3 on CentOS 6
How to Install Python 2.7.10 on CentOS/RHEL 7/6 and Fedora
Bioinformatics
发表评论