安装R 3.3.3 — Linux (RedHat)无root 权限

系统自带的GCC版本太低了(gcc version 4.4.7),不能够编译最新的R 3.3.3

首先在个人目录下安装了较新版本的GCC(gcc version 6.3.0),无需root权限。在安装GCC之前,必要条件是先要安装mpc、mpfr和gpm。

然后安装GCC的命令是:

 ./configure –prefix=/home/fenglei/local/ –with-mpc=/home/fenglei/local/ –with-mpfr=/home/fenglei/local/ –with-gmp=/home/fenglei/local/ –with-libelf=/home/fenglei/local/ –disable-multilib

make -j 10 && make install

随后开始准备安装R 3.3.3,下载了源码并在用户目录下安装,configure的过程遇到了缺失zlib、bzip2、xz、pcre、openssl和curl等问题。需要逐个下载并安装这些包。

在R的configure之前注意设定环境变量。具体如下。或者将其写入~/.bash_profile

LD_LIBRARY_PATH=/home/fenglei/local/lib:/home/fenglei/local/lib64

export CFLAGS=”-I/home/fenglei/local/include”

export LDFLAGS=”-L/home/fenglei/local/lib”

R的安装:

./configure –prefix=/home/fenglei/local/ –enable-R-shlib

make -j 10 && make install

现在R终于可以启动了,然而在安装devtools等包的时候还是报错!错误信息:

libssl.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

我猜想可能是openssl软件版本的问题,于是卸载openssl.1.1.0,安装openssl.1.0.0。然而编译openssl.1.0.0时还是报错:

POD document had syntax errors

参考网上的文章解决了该问题,网上(链接一链接二)的建议是删除 pod2man文件。我的解决方法是对pod2man文件进行了重命名:

sudo mv  /usr/bin/pod2man  /usr/bin/pod2man~

这时候再启动R软件,还是不能安装devtools,想到curl包是依赖openssl的,那么重新安装openssl之后也同样需要重新安装curl。卸载原来的curl,并且重新安装。然后启动R ,终于可以安装git2r和devtools了!

附安装zlib和bzip2等软件包的流程:

# step1:下载安装zlib

$ wget http://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz

$ tar zlib-1.2.11.tar.gz

$ cd zlib-1.2.11.tar.gz

$ ./configure –prefix=/opt/packages

$ make

$ make install

# step2:下载和安装bzip2:

# bzip2不是标准的GNU包,根据下载的安装文件的说明文档,执行以下命令:

$ wget http://www.bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz

$ tar xzvf bzip2-1.0.6.tar.gz

$ cd bzip2-1.0.6

$ make -f Makefile-libbz2_so

$ make clean

$ make

$ make install PREFIX=/opt/packages

# 注意:这里下载完bzip2后,需要修改Makefile文件,在CFLAGS这个变量后面添加:-fPIC,否则后面安装R的时候会报错。

export CFLAGS=”-fPIC -I/home/fenglei/local/include”

export LDFLAGS=”-fPIC -L/home/fenglei/local/lib”

# step3:安装xz包:

$ wget http://tukaani.org/xz/xz-5.2.2.tar.gz

$ tar xzvf xz-5.2.2.tar.gz

$ cd xz-5.2.2

$ ./configure –prefix=/opt/packages

$ make -j3

$ make install

# step4:安装pcre包:

$ wget ftp://ftp.csx.cam.ac.uk/pub/software/programming/pcre/pcre-8.38.tar.gz

$ tar xzvf pcre-8.38.tar.gz

$ cd pcre-8.38

$ ./configure –enable-utf8 –prefix=/opt/packages

$ make -j3

$ make install

OPENSSL

./config -fPIC –prefix=/home/fenglei/local/ enable-shared

./config -t

make

make install

# 如何安装OPENSSL  http://www.jianshu.com/p/291294ad0ee7

# step5:安装curl包:

$ wget –no-check-certificate http://curl.haxx.se/download/curl-7.51.0.tar.gz

$ tar -zxf curl-7.51.0.tar.gz

$ cd curl-7.51.0

$ ./configure –prefix=/opt/packages

$ make -j3

$ make install

# step6:设置安装好的包的环境变量,将下面命令写入~/.bash_profile(这步重要):

# 前两个是“configure”过程需要用到的,后一个是安装R的“make”过程需要用到的。

export CFLAGS=”-I/home/fenglei/local/include”

export LDFLAGS=”-L/home/fenglei/local/lib”

LD_LIBRARY_PATH=/home/fenglei/local/lib:/home/fenglei/local/lib64

 

 

~END~

 

 

 

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